基础医学院于2004年在原漳州卫生学校形态教研组和机能教研组基础上组建，基础医学院是学院实施基础医学教育的重要部门，承担全院临床医学、护理、药学等18个专业的专科全日制学生、成人教育学生的基础医学课程的教学任务，还承担医学检验技术专业、卫生检验与检疫技术专业、口腔医学专业的部分专业课程。

基础医学院设有5个教研室、3中心、3馆、1站。5个教研室为：人体解剖与组织胚胎学教研室、生理教研室、病原生物与免疫教研室、病理教研室、生化教研室；3中心为：基础医学院实验中心、基础医学科研中心、基础医学虚拟仿真实训中心；3馆为：人体生命科学馆、生命健康体验馆、仁爱馆；1站为：遗体捐献接受站。其中人体生命科学馆、仁爱馆为福建省红十字人道与生命教育基地和福建省、漳州市科普教育基地，并且“遗体捐献接受站” 荣获“省级五一先锋岗”。基础医学院实验中心下设形态学实验室、解剖学实验室等、机能学实验室、生物化学实验室及病原微生物实验室等五个实验室，实验仪器设备总值约为825万元。

基础医学院现有专任教师20人（高级职称9人、中级职称6，初级职称5人）、兼职教师13人、外聘教师8人、实验员6人。自2019年以来，在CN刊物上发表论文24篇，其中SCI4篇，省级精品课程2门，省级精品在线开放课程1门，主编、副主编、参编教材53部，省市级以上课题立项8项。系部高度重视知识产权保护和专利申请工作，鼓励教职工发明创造，系部现有1项国家发明专利、27项实用新型专利项目获国家知识产权局正式授权。基础医学院教师党支部于2019年荣获“中共漳州市委教育工委四星级党组织”。

基础医学院秉承“厚德、励志、笃学、尚能” 的校训，大力实施学科建设、师资队伍建设、课程建设和文化建设，向着更高的目标迈进。