药用植物园也叫百草园，始建于2011年，2012年3月起种植药用植物，包括三个广场、八个区、两个园。整个药用植物园占地50亩左右，含有药用植物500余种。

在神农广场上立有4尊雕像，分别是神农、孙思邈、雷敩、李时珍。

在广场左边是水生植物区。

闽粤药材种植区中的“福九味”种植区共种植了薏苡仁、太子参、巴戟天、黄精、绞股蓝等五个品种。

“十大广药”种植区中除了广地龙之外，共种植了化橘红、广陈皮、阳春砂、广藿香、巴戟天、沉香、广佛手、何首乌、高良姜等九个品种。

闽台特色药用植物区共种植闽台特色药用植物34种，主要种有桃金娘、猫须草、土薄荷、肉桂、莲雾、红叶石楠、夜合、茶树、红丝线、印度塔树、秋枫、狗牙花、海州常山、黑肉柿、黄花败酱、阔苞菊、射干、台湾枇杷、台湾苹婆、鸢尾、中国无忧树、小叶薄荷、白刺苋、金钱薄荷、红刺苋、大叶薄荷、田鸡爪、半枝莲、半边莲、马蹄金、猫须草、马齿苋、紫玉兰、风柜斗草。

“五形园”中的五行即金、木、水、火、土，在中医学中的应用称其为五行学说，为中医基础理论之一。

“火园”种植区共种植药用植物10种，这块区域种植的药用植物归心，具有活血通络的功效。主要有丹参、棣棠、核桃、苦参、黄蜀葵、牡丹、南蛇藤、三丫苦、三叶青、苏木等。

“木园”种植区共种植药用植物28种，这块区域种植的药用植物归肝，具有补肝肾、强筋骨的功效。主要有白木香、黄花菜、鸡冠花、枫树、檀香、酸橙、枫香树、沉香、无刺构骨、垂盆草、莪术、防风、覆盆子、枸骨、枸杞、拐枣、鬼箭羽、何首乌、黄花蒿、鸡冠花、芦荟、玫瑰、木瓜、芍药、盐肤木、益母草、淫羊藿、杜仲等。

“土园”种植区共种有35种药用植物，归脾，主要有蔓荆子、苍术、椿、刺儿菜、刺五加、大豆、大蒜、刀豆、凤仙花、高良姜、葛、胡萝卜、花椒、姜黄、结香、猕猴桃、南沙参、爬山虎、忍冬、山楂、石榴、茵陈、紫丁香、紫藤、白茅、石菖蒲、白积雪草、红积雪草、天香菜、蒲公英、马鞭草、黄花旱莲草、白花旱莲草、鬼针草、射干等。

“水园”种植区共种有药用植物6种，分别是光叶细刺枸骨、台湾榕、柳叶榕、菝葜、地肤、巴戟天。

“金园”种植区种有药用植物共12种，包括林娜果、旱伞树、草珊瑚、粉花绣线菊、姜、金果榄、桔梗、腊梅、连翘、天冬、朱砂根、紫苏。

漳州道地药材种植区共种植道地药材18种，分别为虎尾轮、肉桂、绞股蓝、芦荟、千斤拔、穿心莲、臭茉莉、枇杷、忧遁草、五指毛桃、桑、长果桑、砂仁、香橼、柠檬、大蓟、巴戟天、银杏。

仲景广场塑有张仲景雕塑，其传世巨著《伤寒杂病论》。它确立的“辨证论治”原则，是中医临床的基本原则，是中医的灵魂所在。在雕像的后方是四诊法，即忘诊、闻诊、问诊、切诊；在广场的右侧立有六根柱子是中医药原创思维的核心元素“象、数、形、神、气、理”。

裸子植物种植区共种有裸子植物4种，分别是红豆杉、侧柏、圆柏及南洋杉。